ספר 'סוגיות בחסידות' כולל שיעורים בסוגיות מרכזיות בתורת חסידות חב"ד. עיקר עניינו של הספר הוא בביאור משנתה המיוחדת של חב"ד אודות שלושה גופי תורה יסודיים בפנימיות התורה: "ישראל, אורייתא וקודשא־בריך־הוא". תורת החסידות מרבה לדון ולעיין בגדלות הבורא יתברך ובמהותם של התורה ועם ישראל, והדברים מוגשים במאמריו של ר' יואל בתמציתיות ובבהירות.

בין היתר, מתבארים הנושאים הבאים: מהותו של יהודי, אהבת ישראל, מצוות התשובה, ייחוד ה' בתודעת הנבראים, אופני החיבור בין הבורא והבריאה, הגאולה העתידה ותחיית המתים. סגנונו של הספר עיוני ומעמיק, כל מאמר בנוי נדבך על גבי נדבך, כאשר בסיום העניין מתבהרת התמונה הכללית.

סדרת שיעוריו של הרב יואל כהן, הכוללת את הספרים 'המועדים בחסידות' ו'סוגיות בחסידות', התפרסמה בחלקה בעבר בגיליונות כתב העת 'מעיינותיך' ובספר 'שיעורים בתורת חב"ד'. במהדורה זו נוספו מאמרים חדשים רבים, והדברים נערכו לדפוס על־ידי הרב אליהו קירשנבאום, יחד עם ר' יואל עצמו.