כבר בעת שנפגשו הרב ותלמידו בשלהי שנת תקס"ב, רמז רבי נחמן לתלמידו שיחדש בתורתו הקדושה. כך סיפר לו על הרב מליאדי בעל התניא, שהיה לו תלמיד שאמר תורה במשך שמונה שנים רצופות על פי מאמר אחד ששמע מפי רבו הק', "ובזה רמז לו בחכמתו, שיראה להשתדל לחדש בדבריו ובתורותיו הקדושים".

כך מתאר רבי נתן את יצירת חיבורו הגדול בהוראת רבו, בהקדמתו:

"צוויתי מפיו הקדוש לחשוב ולעיין בכל הלכתא והלכתא עד שיאיר ה' עיני לחדש בהם איזה חידוש, וכל מה שזיכני ה' יתברך לחדש בהם, הכל מיוסד על פי ההקדמות והיסודות שקיבלתי מרבינו הקדוש והנורא זכר צדיק לברכה".

החיבור מיוסד ומסודר על כל ההלכות שבארבעת חלקי השולחן ערוך, וביאורי ההלכות מיוסדים על תורת החסידות של רבו הגדול, בספרי לקוטי מוהר"ן וסיפורי מעשיות, והמחבר מביא בהקדמתו דוגמאות כיצד הוציא "דברים נפלאים" מרמזי סיפורי המעשיות להבין את ההלכות. ובחידושיו הנפלאים בלל מכל דברי רז"ל בש"ס ובמדרשים, בזוהר ובכתבי האריז"ל, וביאר את ההלכות בדרך הפרד"ס.

במהדורה החדשה והמנוקדת, נעשתה הגהה יסודית, וכן פיסוק וחלוקה לקטעים. נוספו אלפי מראי מקומות לתנ"ך ומאמרי חז"ל, לספרי קבלה ולשאר חיבוריהם של רבי נחמן ורבי נתן. נבחרו אותיות מאירות עיניים המנעימות את הקריאה והלימוד, על גבי נייר משובח.